FAH : Folding@Home

Installation, paramétrage et lancement automatique de Folding@Home.

Folding@Home est un projet de distribution de données à plusieurs ordinateurs qui étudie le repliement des protéines, les repliements anormaux, l’agrégation des protéines, et les maladies liées. L'idée est d'utiliser des méthodes informatiques nouvelles et une répartition des données aux ordinateurs dit "distribués" à grande échelle pour simuler des échelles de temps des milliers voire des millions de fois plus longues que celles qu’on réalisait auparavant. Cela nous a permis de simuler un repliement pour la première fois, et de mener désormais notre recherche vers l’étude des maladies associées.

Il existe plusieurs méthodes pour installer F@H sur Ubuntu. Ci-dessous nous présenterons l'installation manuelle. Voir aussi les autres méthodes sur la page de Documentation Ubuntu (en anglais), notamment:

- l'installateur semi-officiel finstall qui permet de faire tourner F@H en Daemon (sans fenêtre).

- l'installateur pour réseaux folding.sh

• Par exemple dans /home/[utilisateur]/fah

mkdir ~/fah

• Télécharger le client F@H dans le dossier nouvellement créé

cd ~/fah
wget http://www.stanford.edu/group/pandegroup/release/FAH504-Linux.exe

• Changer les droits du fichier

chmod +x FAH504-Linux.exe

• Exécuter le programme afin de paramétrer F@H (Liste des équipes, Ubuntu: 45104, ou Alliance Francophone: 51, ou Linux: 163 ou …)

./FAH504-Linux.exe -configonly

• Entrer les infos requises

• Créer un fichier nommé fah dans le dossier /etc/init.d

sudo gedit /etc/init.d/fah

• Maintenant, copier les infos suivantes à l'intérieur

#!/bin/sh
# /etc/init.d/fah for Ubuntu
# Start/stop/restart the F@H service.

export FAH_HOME=/home/[utilisateur]/fah

fah_start() {
if [ -x "$FAH_HOME/startfah.sh" ]; then
echo "Starting F@H: $FAH_HOME/startfah.sh"
"$FAH_HOME/startfah.sh"
fi
}

fah_stop() {
sudo killall FAH504-Linux.exe
}

fah_restart() {
fah_stop
sleep 2
fah_start
}

case "$1" in
'start')
fah_start
;;
'stop')
fah_stop
;;
'restart')
fah_restart
;;
*)
fah_start
esac

Sauvegarder et fermer gedit.

• Changer les droits du fichier

sudo chmod +x /etc/init.d/fah

• Maintenant, nous allons créer le script startfah.sh

gedit ~/fah/startfah.sh

• Copier les informations suivantes à l'intérieur

#!/bin/sh

export FAH_HOME=/home/[utilisateur]/fah

cd $FAH_HOME
$FAH_HOME/FAH504-Linux.exe >/dev/null 2>&1 &
exit 0

Vous pouvez ajouter les paramètres -forceasm et -advmethods ou d'autres …

Plus d'infos sur (en anglais) : http://www.liquidninjas.com/bbs/showthread.php?t=3270

• Changer les droits du fichier

chmod +x ~/fah/startfah.sh

• Etape finale, créer un lien dans /etc/rc2.d

sudo ln -s /etc/init.d/fah /etc/rc2.d/S99fah

Pour tester le script, rebooter ou entrer la commande :

sudo /etc/init.d/fah start

Lancer le moniteur système, l'utilisation CPU doit être a 100% !!!

• 1- Si le programme ne se lance pas à la session suivante, revérifier chacune des étapes. Si tout est correct, essayer la manipulation suivante:

sudo apt-get install bum

Pour Ubuntu « Gutsy Gibbon » 7.10 il suffit de cliquer ici.

Ensuite, aller dans Système→Administration→BootUp Manager Vérifier que le script fah soit bien présent dans la liste et coché. On peut également démarrer/arrêter le service depuis ce programme si besoin.

Une fois coché, valider les changements et relancer la session. Le programme Folding@Home devrait se lancer.

Relancer le script

• 2- Différents outils permettant par exemple de suivre l'évolution du travail en cours sont disponible sur cette page

Contributeur : Traduit/Rédigé par dukiclock Remarques et commentaires sur le forum Ubuntu-fr.